Pētījumi Aprīkojums un servisi Genoma centrs
Aprīkojums un servisi

Genoma centrs

Genoma centrs ir BMC struktūrvienība, kas sniedz dažādus ar ģenētisko izpēti saistītus pakalpojumus. Vēsturiski tas tika nodibināts 2005. gadā ar mērķi sniegt atbalstu cilvēka genoma izpētei Latvijā. Tā kā sekmīgai darbībai šajā jomā ir nepieciešamas gan bioloģisko paraugu krātuves, gan progresīva ģenētisko analīžu infrastruktūra, gan ar ģenētisko analīzi saistītu pakalpojumu sniegšana medicīnas aprūpes sistēmai, tad Genoma centrs ietver trīs specializētas apakšvienības: Biobanku apakšvienību, kas cita starpā pārvalda arī “Valsts iedzīvotāju genoma datubāzi”, Genotipēšanas un sekvencēšanas apakšvienību, kas sniedz dažādus ar ģenētisko analīzi saistītus pakalpojumus, atbalstu un zināšanas Latvijas pētniekiem, un Medicīniskās ģenētiskas apakšvienību, kas izstrādā, adaptē un veic ģenētiskos testus.

Biobanku apakšvienība

Valsts iedzīvotāju genoma datubāze (VIGDB) ievāc, uztur un apstrādā Latvijas iedzīvotāju zinātniskiem mērķiem ziedotos bioloģiskos paraugus, kā arī ar tiem saistīto medicīnisko, dzīvesveida un socioekonomisko informāciju.Tā tika dibināta 2006. gadā un uz doto brīdi VIGDB ir atrodami bioloģiskie paraugi un ar tiem saistītā fenotipiskā un klīniskā informācija no aptuveni 1.5% Latvijas populācijas. Pēc savas uzbūves datubāze ir jaukta tipa biobanka, kas ietver gan uz populāciju, gan uz slimību balstītas kolekcijas. Uz slimību balstītajās kolekcijās ir atrodami paraugi no pacientiem, kas sirgst ar sirds asinsvadu, endokrīnajām, onkoloģiskajām un gremošanas trakta slimībām. Standarta biobankā pieejamo bioloģisko paraugu komplekts ietver DNS, plazmu, serumu un leikocītus, tomēr atsevišķu kolekciju gadījumā ir pieejami arī vēža biopsiju un urīna paraugi, kā arī samērā nesen tika uzsākta arī fēču paraugu ievākšana ar mērķi veicināt zarnu trakta mikrobioma pētījumus. 2016. gadā Latvija kļuva par Eiropas infrastruktūras konsorcija BBMRI-ERIC (Biobanku un BioMolekulāro Resursu Infrastruktūra) dalībvalsti un BMC Genoma centrs par šīs organizācijas kontaktpunktu, kas sniedz konsultācijas un atbalstu visām Latvijas biobankām.

Genotipēšanas un sekvencēšanas apakšvienība

Genotipēšanas un sekvencēšanas apakšvienības darbība ir saistīta ar plaša spektra ģenētisko analīžu veikšanu BMC pētniecisko grupu, vietējo un starptautisko partneru, kā arī biotehnoloģiju un diagnostikas uzņēmumu uzdevumā. Šī apakšvienība ietver DNS izdalīšanas laboratoriju, kas aprīkota ar visu nepieciešamo, lai veiktu gan automatizētu, gan manuālu nukleīnskābju izdalīšanu, ģenētiskās analīzes laboratoriju, kas aprīkota ar Sangera sekvencēšanas, Nākamās paaudzes sekvencēšanas un ar TaqMan genotipēšanas tehnoloģiju saderīgām reālā laika PĶR iekārtām, kā arī specifiskas pirms-PĶR un pēc-PĶR laboratorijas, kas aprīkotas pipetēšanas robotiem.

Medicīniskās ģenētikas apakšvienība

Medicīniskās ģenētikas apakšvienības galvenais mērķis ir ieviest praksē BMC pētnieku izstrādātos diagnostiskos testus. Tomēr papildus šiem Medicīniskās ģenētikas laboratorija Latvijas iedzīvotājiem piedāvā arī virkni pasaulē plaši pieejamu DNS diagnostisko testu. Uz doto brīdi piedāvāto pakalpojumu klāsts ir saistīts ar neiromuskulārao un neiro-deģeneratīvo slimību, mitohondriālo slimību, lipīdu metabolisma traucējumu, leikēmijas progresijas prognožu un farmakogenomisko testēšanu. Papildus minētajiem laboratorijā tiek izstrādātas arī pacientam vai pacienta ģimenei specifiskas DNS analīzes, kas ir nozīmīgas reto slimību diagnostikā.

Piedāvātie servisi:

Biobanku apakšvienība

  • Konsultācijas BioBanku veidošanā un vadībā saskaņā ar Labas prakses principiem;
  • Konsultācijas augstas kvalitātes bioloģisko paraugu ievākšanas organizācijai;
  • Konsultācijas ģenētisko pētījumu dizaina izstrādē;
  • Konsultācijas pētījuma ētisko aspektu izvērtēšanā;
  • Augstas kvalitātes bioloģisko paraugu ievākšana;
  • Paraugu kolekciju uzglabāšana un uzturēšana zemas un ultrazemas temperatūras apstākļos;
  • VIGDB paraugu un ar to saistīto datu izsniegšana pētnieciskiem mērķiem;
  • Ar VIGDB paraugiem saistīto datu ieguve no valsts veselības datubāzēm un reģistriem;

 

Genotipēšanas un sekvencēšanas apakšvienība

  • Sangera sekvencēšana (jebkura genoma, jebkura reģiona);
  • Nākamās paaudzes sekvencēšana izmantojot IonTorrent tehnoloģiju (mazo genomu sekvencēšana; metagenoma sekvencēšana; izvēlētu genoma rajonu sekvencēšana; prokariotu 16S rRNS gēnu populācijas analīze; eikariotu 18S rRNS gēnu populācijas analīze; utt. ...)
  • Nukleīnskābju izdalīšana no dažāda tipa bioloģiskajiem paraugiem;
  • Genotipēšana izmantojot TaqMan reālā laika PĶR tehnoloģiju;

 

Medicīniskās ģenētikas apakšvienība

  • DMPK gēna CTG atkārtojumu skaita noteikšana (MIOTONISKĀS DISTROFIJAS 1.TIPS)
  • ZNF9 gēna CCTG atkārtojumu skaita noteikšana (MIOTONISKĀS DISTROFIJAS 2.TIPS)
  • CLCN1 gēna 5. un 23. eksonu sekvencēšana (TOMSENA VAI BEKERA MIOTONIJA)
  • CAV3 gēna 1. un 2. eksona sekvencēšana (PLECU IEGURŅA JOSLAS MUSKUĻU DISTROFIJA 1 C TIPS)
  • CAPN3 gēna c.550delA mutācijas noteikšana (PLECU IEGURŅA JOSLAS MUSKUĻU DISTROFIJA 2 A TIPS)
  • FKRP gēna c.826C>A mutācijas noteikšana (PLECU IEGURŅA JOSLAS MUSKUĻU DISTROFIJA 2 I TIPS)
  • ATXN1 gēna CAG atkārtojumu skaita noteikšana (SPINOCEREBELLĀRĀS ATAKSIJAS 1.TIPS)
  • ATXN2 gēna CAG atkārtojumu skaita noteikšana (SPINOCEREBELLĀRĀS ATAKSIJAS 2.TIPS)
  • ATXN3 gēna CAG atkārtojumu skaita noteikšana (SPINOCEREBELLĀRĀS ATAKSIJAS 3.TIPS)
  • CACNA1A gēna CAG atkārtojumu skaita noteikšana (SPINOCEREBELLĀRĀS ATAKSIJAS 6.TIPS)
  • LDLR, APOB, PCSK9 un LDLRAP1 gēnu eksonu liela apjoma paralēlā sekvencēšana (ĢIMENES HIPERHOLESTERINĒMIJA)
  • RET gēna 10., 11., 13. – 16. eksona sekvencēšana (MULTIPLĀ ENDOKRĪNĀ NEOPLĀZIJA)
  • CYP2C9, VKORC un CYP4F2 genotipēšana (VARFARĪNA METABOLISMA TESTS)
  • PTPN11 gēna 3., 8. un 9. eksonu sekvencēšana (NŪNANAS, LEOPARDA SINDROMI)
  • PTPN11 gēna 13. eksona sekvencēšana (JUVENĪLA MIELOMONOCĪTISKĀ LEIKĒMIJA)
  • MECP2 gēna 3. un 4. eksona sekvencēšana (RETTA SINDROMS)
  • MECP2 gēna 1. un 2. eksona sekvencēšana (RETTA SINDROMS)
  • NPM1 gēna mutācijas c.860_863dupTCTG un FLT3 gēna ITD rajona mutāciju noteikšana (AML gadījumā)
  • Pilna mtDNS sekvencēšana (MITOHONDRIĀLĀ PATOLOĢIJA).

 

Iekārtas:

  • ULTF 420® ultra low temperature freezer (ARCTIKO)
  • ABI PRISM 3130xl Genetic Analyzer (ThermoFisher Scientific);
  • IonTorrent PGM System for Next-Generation Sequencing (ThermoFisher Scientific);
  • IonProton System for Next-Generation Sequencing (ThermoFisher Scientific);
  • ViiA7 Real-Time PCR System (ThermoFisher Scientific);
  • Freedom EVO Liquid Handling System (Tecan);
  • GeneAmp® PCR System 9700 (Applied Biosystems);
  • Veriti™ 96-Well Thermal Cycler (Applied Biosystems);
  • KingFisher Duo Magnetic Purification System (ThermoFisher Scientific);
  • Agilent 2100 Bioanalyser (Agilent);
  • BluePippin Automated DNA Size Selection System (Sage Science);
  • RX Imola, an Automated clinical chemistry analyser (Randox);
  • S220 Focused-ultrasonicator (Covaris);
  • AutoFlex™ MALDI-TOF Mass Spectrometer (Bruker Daltocnics).

 

Publikācijas:

1.         Rovite V, Wolff-Sagi Y, Zaharenko L, Nikitina-Zake L, Grens E, Klovins J. Genome Database of the Latvian Population (LGDB): design, goals, and primary results. Journal of Epidemiology. Accepted August 6th, 2017, in press.

2.         Dujic, T., Zhou, K., Yee, S.W., van Leeuwen N., de Keyser, C.E., Javorský, M., Goswami, S., Zaharenko. L., Marie, M., Christensen, H., Out, M., Tavendale, R., Kubo, M., Hedderson, M.M., van der Heijden, A.A., Klimčáková, L., Pirags, V., Kooy, A., Brøsen, K., Klovins, J., Semiz, S., Tkáč, I., Stricker, B.H., Palmer, C.N., 't Hart, L.M., Giacomini, K.M., Pearson, E.R. Variants in Pharmacokinetic Transporters and Glycaemic Response to Metformin: A MetGen Meta-Analysis (2016) Clinical Pharmacology & Therapeutics, Epub ahead of print. PMID: 27859023

3.         Zaharenko, L., Kalnina, I., Geldnere, K., Konrade, I., Grinberga, S., Židzik, J., Javorský, M., Lejnieks, A., Nikitina-Zake, L., Fridmanis, D., Peculis, R., Radovica-Spalvina, I., Hartmane, D., Pugovics, O., Tká, I., Klimáková, L., Pirags, V., Klovins, J. Single nucleotide polymorphisms in the intergenic region between metformin transporter OCT2 and OCT3 coding genes are associated with short-Term response to metformin monotherapy in type 2 diabetes mellitus patients (2016) European Journal of Endocrinology, 175 (6), pp. 531-540.  PMID: 27609360

4.         Peculis, R., Balcere, I., Rovite, V., Megnis, K., Valtere, A., Stukens, J., Arnicane, L., Nikitina-Zake, L., Lejnieks, A., Pirags, V., Klovins, J. Polymorphisms in MEN1 and DRD2 genes are associated with the occurrence and characteristics of pituitary adenomas (2016) European Journal of Endocrinology, 175 (2), pp. 145-153. PMID: 27185868

5.         Franke B, van Hulzen KJE, Arias-Vasquez A, Bralten J, Hoogman M, et al. 2016. Genetic influences on schizophrenia and subcortical brain volumes: large-scale proof of concept (2016) Nature Neuroscience, 19(3):420-31. PMID: 26854805

6.         J. Klovins in Schizophrenia Working Group of the Psychiatric Genomics Consortium

7.         Sekar, A., Bialas, A.R., de Rivera, H., Davis, A., Hammond, T.R., Kamitaki, N., Tooley, K., Presumey, J., Baum, M., Van Doren, V., Genovese, G., Rose, S.A., Handsaker, R.E., Schizophrenia Working Group of the Psychiatric Genomics Consortium, Daly, M.J., Carroll, M.C., Stevens, B., McCarroll, S.A. Schizophrenia risk from complex variation of complement component 4 (2016). Nature, 530(7589):177-83. PMID: 26814963

8.         Bigdeli, T.B., Ripke, S., Bacanu, S.A., Lee, S.H., Wray, N.R., Gejman, P.V., Rietschel, M., Cichon, S., St Clair, D., Corvin, A., Kirov, G., McQuillin, A., Gurling, H., Rujescu, D., Andreassen, O.A., Werge, T., Blackwood, D.H., Pato, C.N., Pato, M.T., Malhotra, A.K., O'Donovan, M.C., Kendler, K.S., Fanous, A.H., Schizophrenia Working Group of the Psychiatric Genomics Consortium. Genome-wide association study reveals greater polygenic loading for schizophrenia in cases with a family history of illness (2016) American Journal of Medical Genetics Part B: Neuropsychiatric Genetics, 171B (2):276-89. PMID: 26663532

9.         Hamdi, Y., .... Tihomirova, L., ..... Simard, J. Association of breast cancer risk in BRCA1 and BRCA2 mutation carriers with genetic variants showing differential allelic expression: identification of a modifier of breast cancer risk at locus 11q22.3. (2016) Breast Cancer Research and Treatment, pp. 1-18. PMID: 27796716

10.       Lawrenson, K., … Tihimirova, L., ... Price, M. Functional mechanisms underlying pleiotropic risk alleles at the 19p13.1 breast-ovarian cancer susceptibility locus (2016) Nature Communications, 7, art. no. 12675. PMID: 27601076

11.       Couch, F.J.,…, Tihomirova, L., …. Antoniou, A.C. Identification of four novel susceptibility loci for oestrogen receptor negative breast cancer (2016) Nature Communications, 7, art. no. 11375. PMID:     27117709

12.       Inashkina, I., Jankevics, E., Stavusis, J., Vasiljeva, I., Viksne, K., Micule, I., Strautmanis, J., Naudina, M.S., Cimbalistiene, L., Kucinskas, V., Krumina, A., Utkus, A., Burnyte, B., Matuleviciene, A., Lace, B. Robust genotyping tool for autosomal recessive type of limb-girdle muscular dystrophies (2016) BMC Musculoskeletal Disorders, 17 (1), art. no. 1058. PMID: 27142102

13.       Igumnova, V., Capligina, V., Krams, A., Cirule, A., Elferts, D., Pole, I., Jansone, I., Bandere, D., Ranka, R. Genotype and allele frequencies of isoniazid-metabolizing enzymes NAT2 and GSTM1 in Latvian tuberculosis patients (2016) Journal of Infection and Chemotherapy, 22 (7), pp. 472-477. PMID: 27236516

14.       McLaughlin RL, Schijven D, van Rheenen W, van Eijk KR, O'Brien M, Kahn RS, Ophoff RA, Goris A, Bradley DG, Al-Chalabi A, van den Berg LH, Luykx JJ, Hardiman O, Veldink JH; Project MinE GWAS Consortium; Schizophrenia Working Group of the Psychiatric Genomics Consortium. Genetic correlation between amyotrophic lateral sclerosis and schizophrenia. (2017) Nat Commun. Mar 21;8:14774.

15.       Zhou K, Yee SW, Seiser EL, van Leeuwen N, Tavendale R, Bennett AJ, Groves CJ, Coleman RL, van der Heijden AA, Beulens JW, de Keyser CE, Zaharenko L, Rotroff DM, Out M, Jablonski KA, Chen L, Javorský M, Židzik J, Levin AM, Williams LK, Dujic T, Semiz S, Kubo M, Chien HC, Maeda S, Witte JS, Wu L, Tkáč I, Kooy A, van Schaik RHN, Stehouwer CDA, Logie L; MetGen Investigators; DPP Investigators; ACCORD Investigators, Sutherland C, Klovins J, Pirags V, Hofman A, Stricker BH, Motsinger-Reif AA, Wagner MJ, Innocenti F, 't Hart LM, Holman RR, McCarthy MI, Hedderson MM, Palmer CNA, Florez JC, Giacomini KM, Pearson ER. Variation in the glucose transporter gene SLC2A2 is associated with glycemic response to metformin. (2016) Nat Genet. 2016 Sep;48(9):1055-1059.

 

Vita Rovīte , Dr. biol.

Pētniece
Telefons: +371 67808200
E-pasts: vita.rovite@biomed.lu.lv

Biobankas nodaļa

 

Dāvids Fridmanis , Dr. biol.

Vadošais pētnieks
Telefons: +371 67473083
E-pasts: davids@biomed.lu.lv

Genotipēšana un sekvenēšana

 

Inna Iņaškina , Dr. biol.

Vadošais pētnieks
Telefons: +371 67808210
E-pasts: inna@biomed.lu.lv

Medicīnas ģenētikas nodaļa

Ātrās saites



Mājas lapas izstrādi finansēja ERAF 2.1.1.2. aktivitātes projekts Nr. 2010/0196/2DP/2.1.1.2.0/10/APIA/VIAA/004 "Latvijas biomedicīnas pētījumu integrācija Eiropas zinātnes telpā".