Pētījumi Projekti Visi Projekti
Projekti

Ātrās saites

Metabolisma un endokrīno slimību ģenētika

Finansētājs: Latvijas Zinātnes padomes sadarbības projekts "Slimību etioloģijas, patoģenēzes un cilvēka novecošanas procesu ģenētiska izpēte Latvijas populācijā" Nr. 10.0010.01.

Periods: 2010-2014

Apakšprojekta vadītājs: Dr. biol. Jānis Kloviņš

Ievads

Līdz ar jaunāko molekulāro tehnoloģiju ieviešanu ir ievērojami pieaugusi izpratne par multifaktoriālo slimību pamatā esošiem ģenētiskiem mehānismiem un to komplekso mijiedarbību gan ar endogēniem, gan ārējiem faktoriem tādiem kā vide un dzīvesveids. Ir noteikta virkne lokusu, kuru ģenētiskā variācija, viena nukleotīda polimorfismu (SNP) vai kopiju skaita variāciju (CNV) līmenī, kā arī epiģenētiska rakstura izmaiņas būtiski paaugstina saslimšanas risku. Tomēr, neskatoties uz sasniegto progresu, līdz šim atklātie ģenētiskie riska faktori izskaidro tikai nelielu daļu no slimību predispozīcijas, norādot, ka joprojām pastāv daudz neskaidrību.

Mērķis

Projekta ietvaros paredzēts veikt pēc noteiktiem kritērijiem atlasītu viena nukleotīda polimorfismu (SNP) un kopiju skaita variāciju (CNV) analīzi saistībā ar metabolajām saslimšanām, galveno uzsvaru liekot uz otrā tipa diabēta (T2D) ģenētisko riska faktoru izpēti. Lai pēc iespējas precīzāk novērtētu noteiktu kandidātgēnu un genoma struktūru nozīmi slimību izraisīšanā, ģenētiskās variācijas plānots analizēt kontekstā ar detalizēti raksturotām fenotipiskām pazīmēm, analīzē iekļaujot arī ar T2D saistītus proteīnu un metabolos marķierus.

Uzdevumi

Balstoties uz pēc visa genoma asociācijas pētījumu datiem atlasītiem mērķa SNP, kas reprezentē virkni T2D kandidātgēnu, tādus kā IGF2BP2, TCF7L2, FTO un citus, izveidot SNP genotipēšnas paneli un veikt doto polimorfismu analīzi vispusīgi fenotipiski raksturotiem indivīdiem no Endokrinoloģijas centra un Valsts iedzīvotāju genoma datubāzes (VIGDB).

Nolūkā izvērtēt kopiju skaita variāciju nozīmi T2D attīstībā, asociācijas pētījumiem izvēlēties nelielu skaitu CNV, pamatojoties uz publicētiem datiem par glikozes homeostāzes regulācijas procesiem organismā un ar paaugstinātu T2D risku saistītiem genoma lokusiem.

Pētījumā tiek paredzēta iespēja iekļaut citas ar metabolismu saistītas saslimšanas, piemēram, adipozitāti, kardiovaskulārās slimības, akromegāliju, un veikt papildus ģenētisko analīzi gan iepriekš atlasītiem, gan no jauna izvēlētiem kandidātgēniem, koriģējot iegūtos rezultātus pēc mērķa SNP un gēnu-gēnu mijiedarbības datiem.

Rezultāti

Tiek plānots, ka kompleksa marķieru izvēles pieeja, kā arī to savstarpējās mijiedarbības analīze detalizēti raksturotos paraugos palīdzēs izvērtēt atsevišķu kandidātgēnu un genoma struktūru nozīmi diabēta izraisīšanā un sniegs iespēju veiksmīgāk prognozēt slimības gaitu.

Asociācijas pētījumos ir parādīta TCF7L2 lokalizēto polimorfismu ietekme uz T2D risku Latvijas populācijā, kā arī iegūti FTO un TMEM18 lokusos esošo polimorfismu analīzes pirmie rezultāti.



Mājas lapas izstrādi finansēja ERAF 2.1.1.2. aktivitātes projekts Nr. 2010/0196/2DP/2.1.1.2.0/10/APIA/VIAA/004 "Latvijas biomedicīnas pētījumu integrācija Eiropas zinātnes telpā".