Pētījumi Projekti Visi Projekti
Projekti

Ātrās saites

MikroRNS, mRNS un SNP kā biomarķieri plaušu vēža agrīnai diagnostikai, prognostikai un terapijas efektivitātes prognozēšanai

Finansētājs: Latvijas Zinātnes padomes sadarbības projekts "Slimību etioloģijas, patoģenēzes un cilvēka novecošanas procesu ģenētiska izpēte Latvijas populācijā" Nr. 10.0010.01.

Periods: 2010-2014

Apakšprojekta vadītājs: Dr. biol. Aija LInē

Apakšprojekta mērķis ir identificēt miRNS, mRNS un SNP biomarķierus, ko var izmantot (1) agrīnai plaušu vēža diagnostikai un (2) uz cisplatīnu balstītas ķīmijterapijas efektivitātes prognozēšanai. Tas ļautu izstrādāt ne-invazīvus testus skrīninga programmām un diagnosticēt audzēju stadijā, kad tas ir operējams, un izvēlēties piemērotāko terapijas shēmu un optimizēt ķīmijterapijas preparātu devu katram pacientam atkarībā no viņa genotipa un vēža molekulārā profila.

Piedāvātā projekta ietvaros paredzēts:

  1. Izveidot plaušu vēža klīniskā materiāla kolekciju un klīniskās informācijas datu bāzi (~100 dažādu stadiju ne-sīkšūnu plaušu vēža (NSCLC) un sīkšūnu plaušu vēža (SCLC) pacienti).
  2. Identificēt jaunus potenciālus miRNS izcelsmes biomarķierus seroloģiska diagnostikas testa izstrādei, veicot miRNS profilēšanu plaušu vēža audos, no vēža šūnu kultūrām izdalīto eksosomu frakcijā un pacientu un kontroles grupas serumā; testēt identificētās kandidāt miRNS NSCLC un SCLC pacientu un kontroles grupas seruma paraugos.
  3. Identificēt jaunus potenciālus miRNS izcelsmes biomarķierus, uz cisplatīnu balstītas ķīmijterapijas efektivitātes prognozēšanai, veicot miRNS profilēšanu sekojošās paraugu kopās:
  4. pret cisplatīnu rezistentās un izejas plaušu vēža šūnu līnijās;
  5. pret cisplatīnu rezistentās un izejas primārās NSCLC šūnu kultūrās;
  6. pirms-terapijas un recidivējošu SCLC audzēju biopsijās;
  7. pirms-terapijas audzēju biopsijās NSCLC un SCLC pacientu grupās ar atšķirīgu reakciju pret cisplatīna terapiju;
    1. Testēt identificētās kandidāt miRNS NSCLC un SCLC pacientu pirms-terapijas biopsijās un korelēt ar cisplatīna terapijas efektivitāti; validēt funkcionālos eksperimentos.
    2. Validēt iepriekš identificētos ķīmijterapijas efektivitātes mRNS izcelsmes audu biomarķierus (GJA1, ERCC1, CDKN1A, BIRC5, OCT4, GLI1, ABCG2 u.c.) pirms-terapijas audzēju audos NSCLC pacientu kohortā;
    3. Nozīmīgākajās diferencēti ekspresētajās miRNS identificēt SNP un tos genotipēt visā asins paraugu kolekcijā, iegūtos datus korelēt ar to ekspresijas līmeni un klīnisko informāciju.

Apakšprojekta vajadzībām tiek veidota plaušu vēža klīniskā materiāla biobanka, un papildus standartizētajai Genoma DB anketai tiek apkopota informācija par audzēju histoloģisko tipu un stadiju, slimības gaitu, veikto ārstēšanu un terapijas efektivitāti (primārā audzēja un limfmezglu izmēru dinamika). miRNS profilēšanai tiek izmantoti Exiqon LNA-miRNS mikročipi, kas satur visas līdz šim zināmās un paredzētās miRNS. Identificēto mRNS un miRNS biomarķieru validēšanai tiks izmantota reālā laika RT-PCR.

2012. gadā paredzēts veikt sekojošus uzdevumus:

  1. Turpināt plaušu vēža audu klīniskā materiāla (audzēju un atbilstošo relatīvi normālo audu paraugu, biopsiju un asins paraugu) biobankas veidošanu;
  2. Izstrādāt metodiku eksosomu izolēšanai no šūnu kultūrām un pacientu seruma paraugiem;
  3. Veikt miRNS profilēšanu 5 NSCLC pacientu audzēju šūnās un no tām izolētajās eksosomās un identificēt augsti ekspresētās miRNS. Tās tālāk testēt šo pacientu audzēju un normālo audu paraugos, kā arī šo pacientu un veselu cilvēku seruma totālajā RNS un seruma eksosomu frakcijā, izmantojot reālā laika RT-PCR;
  4. Turpināt darbu pie cisplatīna rezistento šūnu populāciju selekcijas no primārajām NSCLC šūnu kultūrām un veikt miRNS profilēšanu izejas un rezistento šūnu populācijās.
  5. Testēt identificētās kandidāt miRNS NSCLC un SCLC pacientu pirms-terapijas biopsijās un korelēt ar cisplatīna terapijas efektivitāti;


Mājas lapas izstrādi finansēja ERAF 2.1.1.2. aktivitātes projekts Nr. 2010/0196/2DP/2.1.1.2.0/10/APIA/VIAA/004 "Latvijas biomedicīnas pētījumu integrācija Eiropas zinātnes telpā".