Studijas Pētniecības darbi
Studijas

Pētniecības darbi

BMC ir draudzīga vide dažādiem pētījumiem, kurus ar pasaules līmeņa aparatūras palīdzību veic augsti kvalificēti speciālisti dažādos pētījumu virzienos (skat. sadaļu Virzieni). Katru gadu aptuveni 50 studentu no Latvijas Universitātes Bioloģijas, un Medicīnas fakultātēm, Rīgas Stradiņa universitātes ārstniecības un farmācijas fakultātēm, kā arī dažādām RTU fakultātēm, pētījumu institūta speciālistu vadībā veic savu kursa, bakalaura un doktora darbu ietvaros nepieciešamos eksperimentus un novērojumus, un pēc tam ziņo par tiem laboratoriju un grupu semināros un kolokvijos. Katru gadu LBMC tiek aizstāvēti vidēji 10 kursa darbi, 9 bakalaura darbi, 8 maģistra darbi, kā arī 2 disertācijas. Arī skolēniem, kuri ir ieinteresēti biomedicīnā, ir iespējams izstrādāt savus zinātniski pētnieciskos darbus mūsu institūtā.

Kursa, bakalauru, maģistru un doktoru darba vadīšanā vai recenzēšanā piedalās lielākā daļa BMC zinātniskā personāla, nodrošinot kvalificētu vadību, dziļi kritisku analīzi, tādējādi garantējot augstu izglītības un zinātnisko standartu ievērošanu, kā rezultātā BMC veiktie studentu darbi tiek regulāri godalgoti, studenti ir saņēmuši Morberga un Vītolu fondu stipendijas, LZP (Latvijas Zinātnes Padome) finansiālu atbalstu, ESF (Eiropas Sociālais Fonds) stipendijas. 

BMC regulāri uzņem ārzemju docētājus un studentus t.sk. nodrošinot studentiem iespējas izstrādāt promocijas darbus.

KURSA, BAKALAURA UN MAĢISTRA DARBU IZSTRĀDES IESPĒJAS

LATVIJAS BIOMEDICĪNAS PĒTĪJUMU UN STUDIJU CENTRĀ

 

PIETEIKŠANĀS KĀRTĪBA

Lai pieteiktos uz kādas kursa, bakalaura vai maģistra darba tēmas izstrādi, pretendentam uz BMC Studiju direktora e-pastu (kaspars@biomed.lu.lv) jāatsūta CV un īsa motivācijas vēstule, kurā paskaidrots, kāpēc izvēlēta tieši šī tēma.  Pēc iepazīšanās ar pretendenta CV un motivācijas vēstuli, konkrētās tēmas vadītājs aicinās pretendentu uz individuālām pārrunām.

Nr.p.k.

Tēmas nosaukums

Tēmas vadītājs

Pētījuma mērķis

Darba uzdevumi

Piezīmes

 1.

Gēnu ekspresijas datu (NGS, mikrorindu) apstrāde un analīze

Dr.biol. Pāvels Zajakins

(Vēža biomarķieru un imunoterapijas grupa, vadītāja Dr.biol. Aija Linē)

Šajā darbā tiks veikta dažādos pētījumu projektos iegūto gēnu ekspresijas datu analīze, ar mērķi noskaidrot atšķirīgi ekspresētos gēnus dažādos šūnu modeļos vai audu paraugos, raksturot nekodējošo RNS sastāvu ekstracelulārās vezikulās vai pacientu plazmā utt.

Analizēt NGS un mikrorindu datus, izmantojot brīvi pieejamu programmatūru un pašrakstītos skriptus.

Vēlamas priekšzināšanas: Кomandrindas izmantošana, sākotnējās programmēšanas prasmes, izpratne par statistikas metodēm.

 2.

"Junk" DNS (heterohromatīna) loma genoma telpiskā regulācijā 

Dr.habil.med. Jekaterina Ērenpreisa

(Vēža šūnas bioloģijas grupa, vadītāja Dr.habil.med. Jekaterina Ērenpreisa) 

Pārbaudīt darba hipotēzi, ka visparēja mRNS transcripcija tiek regulēta caur ar heterohromtīna 3D struktūru. 

Eksperimenti šūnu kultūrā, ietekmējot mRNS sintēzi un izmantojot fluorescentas antivielu proves, 2D un 3D šūnu kodola mikroskopija un attēla analīze.

Interese strādāt ar mikroskopu, spēja pielietot PC progmmatūru, hromatīna organizācijas un minimālās fizikas zināšanas. Tēma paredzēta bakalaura un maģistra darba izstrādei.

 3.

DNS bakteriofāgi

Dr.biol. Andris Dišlers

(Rekombinantu proteīnu biotehnoloģijas grupa, vadītājs Dr.biol. Andris Dišlers)

No Enterobaktērijām jauniegūtu DNS-fāgu raksturošana

DNS-fāgu iegūšana, attīrīšana un raksturošana

Priekšzināšanas nav nepieciešamas, tēma paredzēta kursa vai bakalaura darba izstrādei

 4.

Rekombinantu vīrusveidīgo daļiņu imunogenitāte

Dr.biol. Andris Dišlers, Mg.biol. Ilva Liekniņa

(Rekombinantu proteīnu biotehnoloģijas grupa, vadītājs Dr.biol. Andris Dišlers)

Ar imunomudulatorām īpašībām apveltītu funkcionālu nukleīnskābju pakošana B hepatīta vīrusa kor-antigēna rekombinantajās daļiņās

VVD iegūšana un attīrīšana; fukncionālu nukleīnskābju iegūšana un raksturošana

Priekšzināšanas nav nepieciešamas; tēma piemērota kursa vai bakalaura darba izstrādei

 5.

HBV serdes Ag veidoto VVD modificēšana vakcīnu prototipa izstrādei

Mg.biol. Ilva Liekniņa

(Rekombinantu proteīnu biotehnoloģijas grupa, vadītājs Dr.biol. Andris Dišlers)

Mutantu HBcAg VVD nespecifiskā pildījuma nomaiņa ar specifiskām imunomodulatorām nukleīnskābēm un noteiktu peptīdu ķīmiska pievienošana kapsīdu virsmai. Modificēto kapsīdu imunogenitātes pārbaude pelēs.

HBcAg veidoto VVD iegūšana un attīrīšana, funkcionālo nukleīnskābju iepakošana tajās un Denges vīrusa imunogēnā proteīna ķīmiska piešūšana modificēto kapsīdu virsmai. Iegūtā produkta imunogenitātes pārbaude pelēs.

Tēma paredzēta maģistra darba izstrādei. Darbu izstrādās studente Kristīne Liepiņa

 6.

Rekombinantā HBcAg veidotās kapsīdās spontāni ietverto E.coli nukleīnskābju raksturojums

Dr.biol. Ivars Petrovskis

(Rekombinantu proteīnu biotehnoloģijas grupa, vadītājs Dr.biol. Andris Dišlers)

Noskaidrot, vai plazmīdas uzbūve un E.coli celms ietekmē nukleīskābju pildījumu HBcAg veidotajās VVD

Rekombinato HBcAg VVD iegūšana no divu veidu E.coli celmu šūnām, kapsīdu attīrīšana un iekapsidēto nukleīnskābju iegūšana. Nukleīnskābju sekvencēšana un datu analīze.

Tēma paredzēta maģistra darba izstrādei. Nepieciešamas zināšanas un prasmes darbam ar rekombinantiem proteīniem.

 7.

Prettuberkulozes zāļu metabolizējošo enzīmu gēnu variāciju izpēte etnisku latviešu populācijā 

Zinātniskais asistents Viktorija Igumnova

(Molekulārās mikrobioloģijas grupa, vadītāja Dr.biol. Renāte Ranka)

Noskaidrot prettuberkulozes zāļu metabolizējošo enzīmu gēnu variācijas Latviešu populācijā

Literatūras analīze, attiecīgu gēnu amplificēšana, klonēšana, sekvenēšana.

n/a

 8.

Neiromuskulāro slimību diagnostikas metožu izveide un optimizācija

Zinātniskais asistents Jānis Stāvusis

(Medicīniskās ģenētikas un mitohondriju pētījumu grupa, vadītāja v.i. Dr.biol. Inna Iņaškina)

Sadarbojoties ar Latvijas ģenētiķiem, retu pārmantotu slimību diagnostikas metožu izveide un validēšana.

Neiromuskulāro slimību diagnostikas metožu izveide un validēšana., izmantojot Sangera sekvenēšanu, reālā laika PCR, īso tandēmu atkārtojumu analīzi, kopiju skaita noteikšanu u.c. molekulārās bioloģijas metodes.

n/a

 9.

Hipofīzes adenomas NGS datu analīze 

Zinātniskais asistents Raitis Pečulis

(Cilvēka ģenētikas un molekulārās medicīnas grupa, vadītājs Dr.biol. Jānis Kloviņš)

Mērķis atklāt ģenētiskos cēloņus hipofīzes adenomu izveidei un to klīniskajam fenotipam. Izprast adenomas klonalitāti, mutāciju biežumu un genoma strukturālās izmaiņas.

Hipofīzes adenomu pacientu eksoma sekvencēšanas datu (no Ion Torrent sistēmas) pirmsapstrāde, kvalitātes kontrole un analīze. Paraugi - germline un somatiskais DNS.

n/a

 10.

Mitohondriālo ogļskābes anhidrāžu 5a un 5b strukturālie pētījumi jaunu inhibitoru dizainam

Zinātniskais asistents Jānis Leitāns

(Strukturālās bioloģijas grupa, vadītājs Dr.biol. Kaspars Tārs)

Ogļskābes anhidrāzes (CA) ir plaša enzīmu klase, kas sastopamas daudzos organismos. Zīdītājos sastopamas vismaz 13 ogļskābes anhidrāzes izoformas, tai skaitā mitohondriālās CA5a un CA5b. Mitohondriji būtiski ietekmē daudzas šūnu funkcijas un to disfunkcija veicina daudzas cilvēkam sastopamās slimības, tai skaitā, pastiprinātu aptaukošanos. Ir izvirzīta hipotēze, ka manipulējot ar mitohondrijos sastopamajām ogļskābes anhidrāzēm, būtu iespējams izveidot pret-aptaukošanās terapijas līdzekļus ar pilnīgi jaunu darbības mehānismu.

Iegūt šķīstošus un aktīvus CA 5a un 5b proteīnus (konstruktu veidošana, produkcijas un šķīdības pārbaude E.coli, proteīnu attīrīšana, enzimātiskās aktivitātes mērījumi), to vēlākai kristalizācijai ar inhibitoriem (proteīnu rentgenstruktūranalīze) ar ideju noteikt inhibitoru piesaistīšanās mehānismus CA5a un CA5b aktīvajā centrā. Iegūtos rezultātus varētu izmantot racionālam zāļu dizainam.

n/a

 11.

Ar holīna liāzi saistīto bakteriālo mikrokompartmentu raksturojums

Zinātniskais asistents Gints Kalniņš

(Strukturālās bioloģijas grupa, vadītājs Dr.biol. Kaspars Tārs)

Trimetilamīns (TMA) ir gremošanas traktā mītošo baktēriju metabolisma produkts, kurš cilvēka organismā pārveidojas par trimetilamīna N-oksīdu (TMAO). TMAO, savukārt, veicina aterosklerozes attīstību, tādēļ būtu vēlams samazināt bakēriju producēto TMA daudzumu. Baktērijās TMA tiek producēts no holīna un karnitīna, attiecīgi, ar holīna liāzes un karnitīna oksigenāzes palīdzību. Holīna liāze baktērijās iekļaujas tā saucamo mikrokompartmentu satāvā. Mikrokompartmenti ir no proteīniem veidotas, membrānām līdzīgas struktūras, kuru iekšīenē noris dažādas enzimātiskas reakcijas.

Bakteriālo mikrokompartmentu proteīnu ekspresēšana E.coli, attīrīšana, kā arī mijiedarbības un aktivitātes pētījumi.

 

n/a

 12.

Brīvā DNS izdalīšana un analīze no hipofīzes audzēju pacientu plazmas paraugiem 

Dr.biol. Vita Rovīte

(Cilvēka ģenētikas un molekulārās medicīnas grupa, vadītājs Dr.biol. Jānis Kloviņš)

Asins plazmas monitorings hipofīzes audzēju pacientiem

Darba gaitā no hipofīzes audzēju pacientu plazmas tiks izdalīts brīvi cirukējošais DNS, tiks novērtēta tā kvalitāte un nepieciešamības gadījumā veikta metodes optimizācija. Izdalītajā brīvi cirkulējošā DNS paraugā tiks identificēts hipofīzes audzēja izcelsmes DNS un raksturoti specifiski ģenētiskie marķieri, kas raksturīgi šiem audzējiem.

Spēja patstāvīgi lasīt zinātnisko literatūru angliski

 13.

Hipofīzes adenomu NGS datu analīze

Zinātniskais asistents Raitis Pečulis

(Cilvēka ģenētikas un molekulārās medicīnas grupa, vadītājs Dr.biol. Jānis Kloviņš)

Pētīt ģenētiskos cēloņus hipofīzes adenomu izveidei un klīniskā fenotipa mainībai

Veikt lielapjoma sekvencēšanas datu analīzi - vispārējo raksturojumu, kvalitātes kontroli, variāciju sastāvu, variāciju validāciju un raksturošanu. Literatūras izpēte. Programmu un paņēmienu izpēte.

Angļu valoda - lasīt un rakstīt. Precizitāte. Labas prasmes darbā ar datoru. Matemātiskā domāšana.

 14.

Hipofīzes adenomu pacientu genotipēšana/sekvencēšana 

Zinātniskais asistents Raitis Pečulis

(Cilvēka ģenētikas un molekulārās medicīnas grupa, vadītājs Dr.biol. Jānis Kloviņš)

Hipofīzes adenomu celoņu sastopamības noskaidrošana pacientiem Latvijā

Literatūras analīze. DNS Sangera sekvencēšana. Heterozigotitātes zuduma analīze.

Angļu valodas zināšanas - lasīt un rakstīt. Labas datorprasmes. Precizitāte.

 15.

Transkriptoma sekvencēšanas datu analīze 

Zinātniskais asistents Ivars Silamiķelis

(Cilvēka ģenētikas un molekulārās medicīnas grupa, vadītājs Dr.biol. Jānis Kloviņš)

Kursa darba mērķis ir apgūt otrās paaudzes sekvencēšanas datu analīzes standarta metodes un noteikt metformīna ietekmi uz gēnu ekspresiju leikocītos.

Metformīns ir viens no visplašāk 2.tipa cukura diabēta ārstēšanā lietotajiem medikamentiem un šobrīd ļoti aktuāli ir pētījumi tā darbības mehānismu un efektivitāti nosakošo faktoru noskaidrošanai. Darbs tiks veikts BMC īstenota metformīna izpētes projekta ietvaros un ir mērķēts uz potenciālu ar medikamenta efektivitāti saistītu biomarķieru meklēšanu. Paraugi tiks ievākti no veseliem metformīna lietotājiem trīs laika posmos: pirms, 10h pēc vienreizējas metformīna devas un pēc nedēļas ilgas medikamenta lietošanas, īslaicīgu un ilglaicīgu metformīna efektu noteikšanai. Darbā tiks izstrādāta transkriptoma datu analīzes darba plūsma – sākot ar kvalitātes kontroli, līdz sarakstam ar diferenciāli ekspresētiem gēniem. Analīzes tiks veiktas ar Linux komandrindu starpniecību un atvērtā koda programmatūru.

n/a

 16.

Eksoma sekvencēšanas datu analīze ģimenēs ar pārmantotu cukura diabētu 

Zinātniskais asistents Ivars Silamiķelis

(Cilvēka ģenētikas un molekulārās medicīnas grupa, vadītājs Dr.biol. Jānis Kloviņš)

Apgūt otrās paaudzes sekvencēšanas datu analīzes standarta metodes un noteikt jaunus ar MODY risku saistītus kandidātgēnus.

Kursa darbs tiks īstenots monogēnā cukura diabēta formu ģenētisko riska faktoru pētījumos Latvijas ģimenēs. Analīzei paredzētie eksoma sekvencēšanas dati ir iegūti no ģimenēm ar pārmantotu cukura diabētu, kurās līdz šim aprakstīto MODY (biežākā monogēnā cukura diabēta forma) riska gēnu sekvencēšanas rezultātā nav atrastas diabētu izraisošas ģenētiskas izmaiņas. Eksoma sekvencēšana šādos gadījumos sniedz iespēju meklēt jaunus ar slimības risku saistītus kandidātgēnus. Darba izstrādē tiks veikta otrās paaudzes sekvencēšanas datu analīze ar Linux komandrindu starpniecību un atvērtā koda programmatūru.

n/a

 17.

Medikamenta metformīna darbības mehānismu izpēte saistībā ar izmaiņām zarnu mikrobiomā 

Dr.biol. Ineta Kalniņa

(Cilvēka ģenētikas un molekulārās medicīnas grupa, vadītājs Dr.biol. Jānis Kloviņš)

Pētījuma mērķis ir noskaidrot perorāla antidiabētiskā medikamenta metformīna ietekmi uz zarnu mikrobiomu.

Pētījuma ietvaros tiks noteiktas zarnu traktā pārstāvēto baktēriju taksonu izmaiņas, veicot 16S rRNS gēna fragmentu analīzi ar uz IonTorrent tehnoloģiju balstītu lielapjoma paralēlo sekvencēšanu. Iegūtie rezultāti veicinās izpratni par funkcionālajiem mehānismiem, kas ir metformīna ietekmes uz organismu pamatā.

n/a

Ātrās saites



Mājas lapas izstrādi finansēja ERAF 2.1.1.2. aktivitātes projekts Nr. 2010/0196/2DP/2.1.1.2.0/10/APIA/VIAA/004 "Latvijas biomedicīnas pētījumu integrācija Eiropas zinātnes telpā".